このページは、駅廃止前の情報をもとに記載しています。
青函トンネルに入る前、非常時対応などのために運転拠点として設けられた駅です。北海道側で同様の役割を担う知内駅とは異なり、海峡線開業当初から旅客駅として営業しています。2013年現在では在来線の特急列車が上下各2本ずつ停車するのみでしたが、北海道新幹線関連工事の進行に伴って2015年8月10日を最後に全便が通過することになり、実質的な営業休止状態にあります。なお、北海道新幹線が新函館まで開業した暁には、津軽今別駅は廃止され、新たに新幹線駅「奥津軽いまべつ駅」が設置されることが決まっています。
以下の記述は、旅客列車が実際に停車して乗降をおこなっていた当時のものです。
かなり幅の広い築堤上に、相対式ホーム2面2線が設けられており、それぞれのホームにログハウス調の小さな待合室が置かれています。
出口は西側（下りホーム側）にあり、上りホームとの間は構内踏切で連絡しています。高速の列車がごう音を立てて行き交う駅で構内踏切というのもどうかという気もしますが、上りの停車列車がごく限られているせいか、このような措置になっています。なお、列車到着前後以外の時間帯でも遮断機は上がっており、上りホームへの出入りはいつでも可能です。
ホームは、鉄骨の上にサイドボードを渡したのみの、簡素なものです。立派な路盤やレールと比べると、なんとも貧弱な印象を受けます。
この駅ホームの特徴は、築堤がかなり幅広く設けられており、ホームから階段を下りても両脇に大きなスペースがあることです。一般の利用者が通行可能な部分は黄色い柵で仕切られてはいますが、築堤上で動けるエリアはかなり広くなっており、国鉄末期以降に整備された築堤駅としては破格のスペースを使っています。
ホームから下りると、出口へ向かう通路と60度ほどの角度でアスファルトの通路が横切っています。これは、津軽今別駅の木古内方で分岐する保守線路が通るトンネルの上部にあたりますが、傍目には側線を剥がした跡のようにも、あるいは保守用自動車用道路のようにも見えます。
築堤上から地平へは、チューブのような屋根を設けた階段の通路が延びています。この階段を下りきったところを横切っているのはJR東日本の津軽線で、踏切を渡ってすぐ右側には津軽二股駅のホームがあります。築堤上の津軽今別駅とは移動に2分とかからず、事実上同じ駅といってよいのですが、旅客営業上では別の駅となっており、選択乗車などの制度も特に設けられていません。海峡線がJR北海道、津軽線がJR東日本ということもあって取扱いが難しいことによるのでしょうが、北海道新幹線が新函館まで通じた際にはどのような扱いになるのでしょうか。
なお、2014年3月に竜飛海底、吉岡海底、知内の3駅が廃止になったことから、ここ津軽今別が海峡線唯一の中間駅となりました。
駅入口には津軽二股駅の表示があるのみで、津軽今別駅の表示はありません。そのいっぽうで、築堤上には駅前広場に向けて「津軽今別駅」という大きな表示があり、遠目には津軽今別駅がよくわかります。駅の存在感では津軽今別、入口の存在感では津軽二股が上回っているといえましょうか。
駅の出口脇には「道の駅いまべつ」が隣接しており、ここが事実上待合室として機能しています。物産販売所や飲食スペースがありますが、乗車券類の販売は行われていません。北海道側の知内駅も同様のスタイルですが、ここ「道の駅いまべつ」のほうが利用者は多いようで、建物に出入りする人がかなりいました。
駅前には立派な駐車場が整備されており、列車での送迎には非常に便利な立地になっています。駐車場の中央部には小公園のような設備もあり、自動車利用者にとっても休憩できるスペースとなっています。もっとも、駅前にある施設は、前述の「道の駅」のほか数戸の民家があるのみで、集積拠点になっているとはお世辞にもいえない状態ではあります。
下りは「白鳥93号」（9時5分発）「白鳥23号」（15時36分発）、上りは「白鳥28号」（12時38分発）「白鳥96号」（19時35分発）の各2往復のみが停車いました。
なお、2015年8月11日以降は全便が通過となっています。
番線表示は確認できませんでした。
確認中。
海峡線開業時に設置された駅です。なお、2016年3月の北海道新幹線新函館北斗部分開業の際には、当駅は廃止され、新たに「奥津軽いまべつ」駅が設置される予定で、今後当駅が営業を再開することはないでしょう。
確認中。