2面4線の橋上駅で、駅舎はかなり規模の大きいものです。改札の向かい側に、中間駅としてはかなり大きい待合室が設けられ、キヨスクも営業しており、観光客のたまり場となっていました。
駅の南西側が旧金津町の市街地になっていますが、中心地とはやや離れています。駅名は「芦原温泉」ですが、芦原温泉があるのはこの駅から西へ離れた位置で、バス連絡となっています。
駅の東口からは、芦原温泉や東尋坊へ向かう路線バスや観光バスが発着しています。古くからの食堂や土産物屋などが軒を連ねていますが、いずれもずいぶんくたびれた印象があり、列車から降りた観光客が乗り換えたバスが出てしまうと、駅付近はすっかり静かになってしまいます。