快速から各停への乗り換えはかなりの手間が
JR常磐線、東武伊勢崎線および地下鉄日比谷線、地下鉄千代田線、つくばエクスプレス線が集結する、交通の要衝です。
東武伊勢崎線と地下鉄日比谷線は、この北千住が接続駅かつ相互乗り入れの拠点となっており、両社の駅が一体化していますが、JR常磐線と地下鉄千代田線は完全に分離されており、快速(JR)と各駅停車(千代田線)相互の乗り換えにはかなり手間がかかります。かつて両線の間には中間改札が設けられていましたが、無人になっていることが多く、後に撤去されました。
JR常磐線は2面3線から成り、このほかに待避線が設けられています。
JR北千住駅には、普通列車および快速列車が停車します。なお、JR常磐線の各駅停車は、全列車が綾瀬以西で地下鉄千代田線に乗り入れるいっぽう、この綾瀬駅には普通・快速は停車しないため、乗り継ぎの際には、複雑なルールが決められています。
駅西口には、巨大な駅ビル「ルミネ」が建っている他、駅周辺にはショッピングビルなどが多数立地しており、常磐線沿線随一の商業拠点となっています。