島式ホーム1面2線と片面ホーム1面1線から成る高架駅で、コンコースは高架下に設けられています。
駅名のとおり千葉港への最寄り駅であるほか、千葉市役所や千葉中央警察署、千葉中央郵便局などの公共施設が多く立地しており、官公庁へのアクセス駅という色彩の濃い駅です。駅周辺は港湾地区でやや荒涼としており、住宅はあまり多くありません。
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京葉線の西船橋-千葉貨物ターミナル(現在は廃止)が1986年3月に旅客営業を開始した際、それまで貨物営業のみを行っていた千葉貨物ターミナル-蘇我の中間地点に旅客駅「千葉港」が設置されました。この際、旅客営業は西船橋-千葉貨物ターミナル-千葉港のみで行われています。開業時の正式名称は「千葉港」でしたが、当初から案内は「千葉みなと」と表記され、『国鉄監修 交通公社の時刻表』でも「千葉みなと」と表記されていました。
1988年12月1日に京葉線が新木場まで延長され、有楽町線を介して都心へ接続するようになると、これにあわせて千葉港-蘇我の旅客営業が開始されます。さらに1992年3月14日には、正式に「千葉みなと」の表記に改称されました。
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