東京海洋大学(旧・東京商船大学)越中島キャンパスに囲まれるように位置している地下駅です。
コンコースは地下1階、ホームは地下2階にあり、島式ホーム1面2線となっています。ホームの幅は比較的ゆったりしていますが、JRの他の地下駅と同様、壁面が黒く汚れているため、どうにも暗い印象を受けます。
なお、この駅の東側にある越中島貨物駅は、越中島駅とは関係ありません。越中島貨物線は、亀戸から分岐する貨物支線で、長らく「越中島」を名乗ってきました。京葉線に設置される駅名が「越中島」となったため、京葉線越中島駅開業日に、駅名に「貨物」の二文字が付されています。
北側から順に、1番線、2番線となります。
越中島という地名は、万治年間に榊原越中守にこの地が与えられたことによります。開拓が進んだのは元禄年間以降で、しだいに埋め立て地が広がり現在のような地形になりました。
京葉線最後の区間である東京-新木場間が開通した際に設置された駅です。
東京海洋大学越中島キャンパス内。明治政府の発注により英国で建造された帆船で、現存する日本最古の鉄船。長らく商船学校の訓練船として活躍しました。国指定重要文化財。火曜日、木曜日、第一および第三土曜日に一般公開、280円。
東京海洋大学越中島キャンパス内。商船教育史とその周辺の海事史を物語る資料を収集・展示。火曜日、木曜日、第一および第三土曜日に一般公開、無料。