切り通しの中に入っている、1面2線から成る駅です。
駅舎および駅改札は1つだけで、山手線をオーバークロスしている白山通り沿いの西口、これと垂直方向にあり駅前広場に面している北口、その反対側にある南口の3つの出口があります。駅ビル「アトレヴィ」の中にすっぽりと入っています。
駅ビル完成前の巣鴨駅駅舎は濃い茶色をしており、そう古くからの駅舎というわけでもなさそうですが、なぜか年季の入ったような落ち着いた雰囲気になっていました。
とげぬき地蔵へ向かう地蔵通り商店街は、年配の参拝客で賑わっており、この界隈は「おばあちゃんの原宿」とも呼ばれています。