対向式ホーム2面2線から成る駅です。地平駅時代は、改札は上下ホーム別々に設けられており、改札はそれぞれ2個所ずつ設けられていました。また上下ホームは完全に分離されており、相互の往来はできない構造になっていました。ホームは大きくカーブを描いています。
京成本線は、この京成船橋駅付近でJR総武本線と完全に競合していますが、この京成船橋駅はJRの船橋駅に近く、またJR船橋駅が快速停車駅ということもあって、京成線の京成船橋駅以東からの乗客が、朝ラッシュ時に一斉にJR船橋駅へ移動する姿が見受けられます。この結果、京成船橋駅は、京成で乗降客数が最大となっており、京成の最混雑区間も、京成船橋から大神宮下までの区間となっています。これは、京成からJRへの旅客の逸走といえますが、その背景には、京成の線形の悪さに伴う所要時間の長さ、ターミナルが京成上野や押上という立地条件の悪さなどがあげられます。
船橋市の中心部を地平で横切っているため周辺道路の混雑が激しく、朝ラッシュ時には“開かずの踏切”と化しているほか、上記の事情により上り電車から降りた乗客が大量に踏切に滞留することになります。また、ホームが狭小で急カーブを描いており危険ということもあいまって、高架化工事が行われています。京成の改札に設置されている自動改札機の数もごく限られていますが、高架化後は、この問題も解決が求められましょう。
駅の北側には、商業ビル「フェイス」や西武百貨店が立地し、これらの脇を、JRとの乗り換え客がひっきりなしに移動しています。いっぽう、駅の南側には大小さまざまな商店が軒を連ねるなかに、古くからの民家も混在しており、下町の雰囲気が色濃く漂っています。