南流山

JR武蔵野線と交差する位置に設けられている地下駅です。

ホームは地下2階にあり、島式ホーム1面2線から成ります。コンコースと改札口は地下1階にあり、地下駅としてはかなりゆったりしたレイアウトになっています。JR武蔵野線との間は直接連絡してはおらず、出口が駅前広場につながっており、その脇から武蔵野線のコンコースに移動することになります（屋根があるので雨天時の移動も問題ありません）。その出口は、金属の直方体の上から円筒がにょきっと伸びているような形状で、シンプルながらも印象的なものです。

この先でつくばエクスプレスは流鉄と交差しますが、乗換駅はありません。交差しながら乗換駅が設けられていないのは、ほかには地下鉄銀座線のみです（つくばエクスプレス浅草駅と銀座線田原町駅の間を徒歩連絡することは可能）。なお、南流山駅から東へ800mほど歩くと、流鉄鰭ヶ崎駅に着きます。