2面4線と橋上駅舎から成る駅です。駅名のとおり、栗橋町の南部に位置する駅ですが、車両基地が隣接しているため、南栗橋着発の列車が多数設定されています。また、10両対応ホームの北限駅となっているため、この駅で列車の増解結が行われます。
コンコースは円筒状の屋根になっており、出口は東西に設けられていますが、駅周辺は新興住宅地の玄関口でしかなく、杉戸高野台に比べると人通りも少ないように思われました。駅の規模が大きいにもかかわらず、自動改札機が3機しか導入されていないあたり、この駅の乗降客数を反映しているように感じられます。
南栗橋駅の北側で、東武日光線は東北新幹線をアンダークロスします。