都営浅草線の戸籍上の始発駅です。駅の南側には、馬込車両検修場があります。
地下3階に相対式ホーム2面2線が設けられていますが、降車ホームと乗車ホームが明確に分離されているわけではなく、便によって発車ホームは異なります。
改札は西口と南口の2個所があり、いずれも地上の道路沿いに面しています。下車した旅客は、この地上の改札までえんえんと上っていくことになりますが、地下3階のホームからいったん地下4階の連絡通路へ降り、ここから上へ向かうという不思議な構造になっています。駅周辺の土地確保が難しかったせいか、階段の屈曲が激しく、改札に到着したときには「やっと地上に出られたか」という気分になりました。
駅の周辺は住宅地です。あまり知られていませんが、池上本門寺が近くにあります。