相対式ホーム2面2線から成る駅です。中目黒方面に1個所、北千住寄りに方面別2個所の改札口があります。中目黒方面は甘酒横丁交差点に出口があり、水天宮や東京シティエアターミナル方面に便利。いっぽう北千住側は、ホームに直結して改札口があり、都営浅草線との乗り換えが便利です。
駅の周辺は、関東大震災や東京大空襲の被害を免れたこともあって、日本橋の雰囲気が今なお残っており、水天宮への参拝客を意識した和菓子屋、飲食店などが多く並ぶ「甘酒横丁」と呼ばれる一帯になっています。なお、日比谷線は人形町の南側で南西へ大きくカーブを描き、水天宮の最寄り駅である水天宮前駅のある半蔵門線との乗換駅はありません。
「人形町」という地名は、江戸時代に人形芝居が盛んに行われて、このため人形師や人形商が集中して居住していたことによります。
その後、半蔵門町線水天宮前駅が乗換駅として指定されました。(2020年6月6日)