本郷三丁目

駅そのものは本郷二丁目にありますが、春日通りと本郷通りが交差する本郷三丁目交差点に隣接しているために、現在の駅名になっています。ホームは地下2階にあり、対向式2面2線から成っています。

駅改札口は地上にあり、ホームのみが地下にあるという構造ですが、この付近では線路が道路直下ではなく民有地の下を通っているため、道路上に穴のような出口があるタイプにはなっていません。開放的な駅コンコースは地平にあって通り抜けもでき、自然光がよく入るので明るいもので、2002年にリニューアルされました（11月22日完成）。赤いゲートは丸ノ内線のシンボルカラーに合わせたものです。正多角形の一部を切り取ったような形状の自動券売機スペース、直線的かつ規則的な大きい窓など斬新さを備えつつも、本郷の街によく合うものになっています。

周囲は飲食店や雑居ビルが建ち並んでおり、春日通り沿いには銀行も多い。東大本郷キャンパスの最寄り駅の1つです。都営大江戸線本郷三丁目駅との間は、地上連絡をする必要があります。