日本の中央官庁が集結している、霞ヶ関の拠点となっている駅で、3線が集まっています。
丸ノ内線は、農林水産省などの入る中央合同総合庁舎1号館の北側にあります。ホームは地下2階にあり、かつては島式1面2線でしたが、現在は北側にホームが増設され、東京方面が片側ホーム、荻窪方面が島式ホームを使用しています。
日比谷線は、中央合同総合庁舎1号館と外務省の間に位置しています。島式1面2線から成り、南北に1個所ずつ出口があり、北千住方面で丸ノ内線と、中目黒方面で日比谷線と連絡しています。なお、日比谷線ホームの上側には地下自由通路が通っています。
千代田線は、潮見坂下の経済産業省前にあります。島式1面2線から成り、ホームは地下1階に、コンコースは地下2階にあります。代々木上原方面に、日比谷線との連絡口があります。
中央省庁に囲まれている駅で、大手町や丸ノ内とは異なり、比較的ラフな格好の人が多く見られます。駅東側の日比谷公園は、都会のオアシスとして活用されています。