モノレールは、カーブを描いてJR京浜東北・山手線の内側に入り、ビルの3階に位置するモノレール浜松町に到着します。1線を2つのホームが挟み込む形になっており、西側が降車専用ホーム、東側が乗車専用ホームになっています。
乗車専用ホームとの間には、JR構内と直結する連絡改札が設けられています。この連絡改札は、その性質上JR側からモノレール側という一方通行になっています。
降車専用ホームからは、ホーム中ほどおよび羽田側に1個所ずつの出口があります。
駅のコンコースには、航空券の販売やチェックイン手続などが可能なシティエアターミナルが併設されており、空港アクセスのメイン玄関らしい雰囲気が漂っています。駅は世界貿易センタービルの中にすっぽり入っており、駅舎と呼べるものは目立ちません。