相対式ホーム2面2線から成る地平駅です。傾斜地上に設けられているため、北側（上りホーム側）では駅前広場がホームよりも高い位置にあります。なお、上の写真では橋上駅舎のように見えますが、これは駅をアンダークロスする道路から見上げるように撮ったためで、撮影地点が周囲よりも一段低いところにあるためです。
かつて、山本駅と平井駅が統合された際、山本駅が存続して平井駅が廃止という形になったという経緯があり、現在では副名称として「平井」が残っています。
駅の周辺は住宅地となっています。山本は植木産業で全国的に知られています。