対向式2面2線から成る橋上駅です。六甲山系を源流とする天井川のひとつ、住吉川の上をまたぐために、この魚崎駅の前後は路盤が高くなっていますが、ホームそのものは地平にあります。特急(直通特急含む)が停車しますが、区間特急、快速急行、急行は通過します。
かつては、深江や青木と同様の地下改札を持つ小駅でしたが、六甲ライナーの開通に伴い、駅舎が橋上化されるとともに、特急が停車するようになりました。
コンコースはアイボリーをベースとした明るい色調にまとめられています。橋上駅舎内にはコーヒーショップが入り、六甲ライナーの駅へは高架上の自由連絡通路が延びています。その一方で、ホームは普通列車しか停まらなかった時代とほとんど変わっておらず、特急停車駅の中ではかなり地味な印象を与える駅です。
駅の周辺は住宅地となっており、特に北側は古くからの民家やマンションが建ち並んでいます。駅前にミニコープとごく小規模な商店がいくつかあるものの、商店街などはまったく形成されていません。住宅地の玄関口にもかかわらず商業活動など無縁の世界が広がっており、この点で香櫨園駅と通じるものがあります。ただし、駅は住吉川の東側にあり、香櫨園や芦屋のようにホームから河川敷を眺めることはできません。住吉川沿いにはちょっとした松並木が整備されており、落ち着いたたたずまいになっています。
駅の南側は阪神高速が走っており、その南側は工業地帯になっています。魚崎は“灘五郷”の一角を形成したが、他の地域に比べて中小メーカーの比率が高かったうえ、震災による直接の影響も大きく、操業しているメーカーは半減しています。
魚崎という地名は、かつては「五百崎」とも書かれていました。この地が不漁に苦しんでいたとき、漁民が豊漁を祈って字を変えたものといわれています。現在では海岸線ははるか沖に後退しており、駅から海を望むことはできません。