加古川線の電車は、神野を出発すると東へ田園地帯を進み、工場や住宅がぽつぽつと集まるようになると、三木鉄道との乗換駅である厄神に到着します。日中の列車のうち約半数が、この厄神で折り返しとなります。
厄神は、単式ホームと島式ホームの2面から成りますが、このうち島式ホームは加古川線と三木鉄道線が共用しているため、JRとして見ると2面2線となっています。単式ホーム側は下り、島式ホーム側は上りの電車がそれぞれ使っており、上り電車と三木鉄道の間ではホーム乗り換えが可能です。ただし、加古川線では電化に伴いホームのかさ上げを行ったため、段差が発生しています。なお、駅の東側には車両基地があります。
三木鉄道が第3セクターに転換される前は、加古川－厄神－三木を直通する列車が多数運転されていましたが、現在では加古川線と三木鉄道線の間の線路は切られており、直通運転はできなくなっています。
橋上駅舎となっており、ホーム乗り換え通路と南北自由通路を兼ねています。自動券売機があるものの「みどりの窓口」のない委託駅です。
駅の周辺は住宅が密集していますが、商店はほとんどありません。もともと駅本屋が北側にあったこともあり、駅の北東側に広い駐車場が整備されていますが、駅前はごく狭くなっています。