東海道本線と福知山線、JR東西線が分岐する駅で、各系統の列車が相互に連絡しています。民営化当時までは、東海道線は普通列車のみが停車する小駅で、薄暗い地下道を通って木造の小さな駅舎に出入りしていたのですが、現在は再開発が完了して巨大な橋上駅舎へ変貌を遂げており、かつてのおもかげはまったくありません。
ホームは島式ホーム4面8線から成ります。改札は1個所のみで、出口は南北に設けられています。
駅名こそ「尼崎」で、JTB発行の時刻表は「国鉄監修 交通公社の時刻表」時代から一貫してこの駅を「市の中心駅」としていますが、尼崎市の中心街は阪神尼崎駅、行政の中心への最寄り駅は立花駅であり、尼崎駅は交通の要衝というに過ぎません。
駅の北口は、かつての工場跡地の再開発が進んでおり、阪神百貨店を中心とした一大ショッピングセンターの建設が進められているほか「カルフール尼崎」へのアクセス拠点ともなっています。いっぽう南側は、家電量販店「ミドリ電化」の店舗が建ちバスターミナルが整備されているものの、比較的古くからの街並みが残っています。
なお、福知山線尼崎港支線の尼崎駅は離れた場所にありました。1998年ごろまでは、同線が走っていた土手がほぼそのまま残っていましたが、現在はかなりの部分が崩されているようです。