東海道本線と草津線の分岐駅で、東海道線は2面4線、草津線は南側柘植方の1面2線で、切りかけ式の1番ホームと、東海道本線に直通できる2番ホームから成っています。
駅舎は橋上に設けられており、南側には大規模なペデステリアンデッキが整備されており、ショッピング街に直結しています。
草津は、東海道と中山道が合流する交通の要衝として栄えた町で、草津宿本陣が現在も残っています。草津以西では、東海道本線は複々線化されています。
駅舎は橋上に設けられており、駅舎内には飲食店などが入っています。規模の大きい駅ということもあって改札もかなり大柄なものですが、むしろ駅が大きいにも関わらず改札が1個所しかない、と表現するほうが妥当でしょうか。
出口は東口と西口にそれぞれ設けられています。
東口からは大規模なペデストリアンデッキが整備されており、草津本陣をかたどったモニュメントが設置されています。ペデストリアンデッキは駅前にある「近鉄百貨店」や「Lty932」と接続しており、買い物客の利用が多く見られます。
いっぽう、西口は駅前のロータリーに接しており、駅前にビルが居並ぶというスタイルになっています。新しく開けたエリアということもあり、大規模なホテルなどが多く立地しています。
草津以西では東海道本線は複々線となり、走行中の新快速が普通を追い越すシーンをよく目にすることとなります。なお、草津駅のすぐ南側で短いトンネルを渡りますが、これはかつてここを流れていた天井川・旧草津川の跡地で、現在は南西側に移設されています。