島式ホーム1面2線から成る駅で、内側の緩行線を走行する列車のみが停車でき、駅舎は橋上に設けられており、複数の峰が連なった山のような形をした屋根に特徴があります。普通列車のほか、高槻以東で各駅に停車する快速も停車します。
駅のホーム放送には「人間みな兄弟 ~夜が来る~」が使われていますが、これはかつて「サントリーオールド」のCMに使われていたもので、当時30代の私はこの音楽を耳にしただけでニヤリとしてしまいました。島本町内にあるサントリー山崎蒸留所を意識しての採用でしょうが、同蒸留所の最寄り駅はひとつ京都側の山崎駅です。
ホームを登ってから改札口のある2階へ進みますが、橋上改札はずいぶんと幅が狭く、通路もやや窮屈に感じられます。工法上の制約でもあったのでしょうか。「みどりの窓口」が設けられています。