相対式ホーム2面2線から成る地平駅です。坂本方面行きホームの石山寺方に駅舎があり、石山寺方面行きホームとの間は構内踏切で連絡しています。カードリーダーが設置されていますが、自動改札機は設けられていません。改札上のアーチがトレードマークになっています。
大津線（石山坂本線＋京津線）の中では、浜大津や京阪山科をしのぎ最大の乗降客数を誇っていますが、ホームの幅は狭く駅舎も小さいため、改札口はいつも多くの人でごった返しています。乗降客数が多いのは、JR東海道本線膳所駅との乗り換えがスムーズに行えるためでしょう。
駅を出ると、すぐ正面にJRと共用の駅前広場があり、また屋根がつながっているため、雨天でも傘を差さずに乗り換えることが可能です。
地図を見ると、石山寺方面からのレールがJR膳所駅にぶつかるような形になり、ここで急カーブを描いてJRと平行に北西へ向かい、そこから緩やかに離れるという、不思議な線形になっています。