JR山科駅の南側に設けられている、相対式ホーム2面2線から成る地平駅です。両ホームの浜大津方にそれぞれ別個の駅舎と改札口が設けられています。
JR山科駅の南側に設けられている、相対式ホーム2面2線から成る地平駅です。両ホームの浜大津方にそれぞれ別個の駅舎と改札口が設けられています。
御陵方面ホーム駅舎は鉄筋2階建ての新しいもので、ドームが印象的です。駅前広場が整備されておりバスターミナルから路線バスが発着しており、山科盆地の玄関口という位置づけになっています。また、商業施設の集結した「ラクト」が立地しています。
いっぽうの浜大津方面ホーム駅舎はJR山科駅の出口と向かい合うような位置にあり、乗り換えは非常に便利です。
改札すぐ近くに構内踏切があり、ホーム間の改札内移動が可能な構造になっています。
他路線との乗換えが非常に便利で、さらにホームが地上にあり移動が容易ということもあって、長らく京阪京津線における旅客流動上の拠点駅でしたが、1997年10月12日に京津三条-御陵が廃止され同区間が京都市営地下鉄に移管したことに伴い、三条方面へのアクセスは地下鉄に移りました。これによって京阪山科駅の乗降客は大きく減少しています。
番線表示はありません。以下、北側(駅本屋側)から順に。
JR西日本-東海道本線:山科をご覧ください。
現在のJR山科駅よりも早く開業しました。
確認中。