相対式ホームと島式ホームの組み合わせ3面4線から成る地平駅です。駅舎は駅の北側（メイン）と南側（サブ）にそれぞれ設けられており、ホームとの間は跨線橋および地下道で結ばれています。
K特急を含むすべての列車が停車します。中書島は伏見地区の繁華街からは外れた位置にありますが、宇治線の乗換駅であるほか、京阪本線が急カーブを描く途中に位置しているため徐行運転が必要となるため所要時間への影響が小さいこともあるのでしょう。
中書島にはかつて遊郭があり戦後まで続いていましたが、現在ではその面影はありません。伏見地区における観光客への対応として、あちこちに観光案内がみられます。
なお、京阪本線の中書島以北は駅間距離が非常に短くなっており、9.6kmの間に13の駅があります。なお、反対側の淀駅までの距離は4.7kmです。