終着駅ですが、相対式ホーム2面2線という中間駅仕様になっており、両ホームの間には構内踏切が設けられ、しばらく先へ線路が延びるという構造になっています。これは、建設時に五條や橋本のほうへ路線を延伸する構想があったためですが、結局は御所どまりのままとなりました。
駅舎は東側ホームの南端部分に設けられている平屋のもので、横に長く伸びており、改札口の部分にポッと穴が開くような形状になっています。
駅前からは東側へと古くからの商店街が延びており、JR和歌山線の踏切の先には立派なアーケード街が整備されていますが、地方としての旧市街特有のくたびれた雰囲気が感じられました。