神戸市営地下鉄山手線の終着駅です。建設中の仮称は「布引」でしたが、開業時には、新幹線と同様「新神戸」という駅名に落ち着きました。
ホームは2面3線となっており、改札は南北にそれぞれ設けられています。新幹線への乗り換えは北側改札を利用しますが、改札口から地上までのエスカレータは非常に長くなっています。いっぽう南側はさほど深い位置にはありません。これは、駅が傾斜地に設けられており、北側と南側で深さが大きく異なるためです。
新神戸から北側は北神線の路線で、運行形態は一体化されており、多くの列車が新神戸を通って谷上へ直通しています（西神中央方面から新神戸止まりとなる列車も多い）。