ポートライナー第2期区間で、三宮方面からみて最初の駅です。
コンコースは高架下の2階にあり、東西自由通路を兼ねています。ホームはコンコースの上にあり、島式1面2線から成ります。
駅名の由来となっている先端医療センターは、駅の西側すぐに位置しており、センター内が見えないようにホーム西側には大きな覆いが設けられています。いっぽう、駅の東側には、神戸国際ビジネスセンターや理化学研究所神戸研究所など、医療や理化学関係の研究所や事務所などが並んでいます。さらに、駅の北側には長大なムーヴィングウォークが延びています。
開業直後、駅の南側には更地が広がっており、今後の造成待ちという雰囲気が濃厚です。