新水俣

高架上の駅で、下りが片面、上りが島式となる2面3線の駅です。海側から「11番線」「12番線」「13番線」と、十の位に番線番号が割り振られているのが特徴です（これは、ほかの九州新幹線の駅でも同様です）。

屋根を支える柱の間隔をうまく調節しており、ホームの採光がよいのが特徴。駅改札はゆったりしており、改札脇にキヨスクと待合室が設けられています。

駅前はきれいに整備されており、国道3号線がすぐ近くを走っています。水俣の市街地は西に大きく離れており、新幹線の高架をくぐり山側にある肥薩おれんじ鉄道に乗り換えることになります。山が左右に迫っています。