人吉駅を発車したくま川鉄道の列車は、JR肥薩線の線路と1.3kmほどの間、平行して走っており、一見、複線化されているように見えます。その肥薩線が右に分かれると、すぐに相良藩願成寺駅に到着します。
やや右へとカーブを描く、片面ホーム1面1線の駅です。有人駅で、駅舎は城下町を意識した木造のものですが、武家屋敷なのか蔵なのかよくわからないのがご愛敬。駅舎には「子ども図書室」が併設されています。
現在の駅名「相良藩願成寺」は、人吉盆地を治めていた相良藩の名と、相良家の菩提寺であり駅周辺の地名ともなっている願成寺をつなげたものです。駅の周辺は人吉市郊外の住宅地で、近くには人吉高校があり、高校生が多く出入りしています。