北熊本駅は、菊池線と藤崎線の分岐駅です。ただし実際の運転系統は「藤崎宮前-北熊本-御代志」と「上熊本-北熊本」に分かれています。また、主に運行される車両も、藤崎宮前-北熊本-御代志系統は旧都営三田線の6000系2連が、上熊本-北熊本系統は旧東急の5000系単行が主に使われており、北熊本以南では主系統と従系統が完全に逆転しています。
北熊本駅の構内は広く、車両基地が設けられています。熊本電気鉄道各駅の中で車両の留置設備があるのはここ北熊本駅のみで、駅員氏に聞いたところ、夜間にはすべての列車がここ北熊本駅に戻されるとのことです(2012年3月)。
北熊本駅の車両基地には多様な車両が留置されていますが、特に目を引くのは、チョコレート色の塗装が異彩を放つモハ71(元広浜鉄道)でしょう。かつては筆文字鮮やかな行先票を掲げて菊池線を走っていた電車です。すでに廃車となり本線に出ることはありませんが、現在も自走が可能な状態で、車両基地内で入替用車両として現役で稼働しています。なお、この形式の電車の多くは広島市への原子爆弾投下の際に被爆しており、実際に熊本電気鉄道に譲渡された車両にも被爆車両が含まれていましたが、このモハ71はたまたま点検のために広島を離れており、被爆を免れた車両でした。
モハ71は、駅利用者が通行可能な部分からも遠目に見ることができます。やや距離があるので、オペラグラスでもあるとよいかもしれません。
北熊本駅の駅本屋に面した片面ホームは、藤崎宮前行きの乗り場となっています。駅舎はオリジナル部分(平屋)のほか、北側に増築部分(2階建て)があり、この両者がホーム側に庇を伸ばす形になっています。
御代志行きおよび上熊本行きの乗り場は島式ホームにあり、これは駅本屋前から御代志方にある構内踏切を横断して向かいます。ホーム上には短い上屋がありますが、待合室などはありません。
藤崎宮前-北熊本-御代志系統同士の列車交換が行われるほか、この系統と上熊本方面行きとの接続も行われるため、列車が発着するたびに多くの人の行き来があります。なお、上熊本系統の電車は、いったん北熊本駅に到着して下車客をすべて降ろしてからいったん扉を閉め、しばらくしてから再び扉を開けて乗客を中に入れます。
駅舎内にはきっぷ売り場がありますが、改札口には「整理券をお取りください」とあり、窓口では普通乗車券の販売は行っておらず、回数券および定期券のみの販売です。このほか、いろいろなグッズ類の販売も行っています。
隣接する増築部分は事務所になっているようですが、臨時店舗等に貸し出されることもあるようで、必ずしもすべてのスペースが常時使われているわけではないようです。
駅は熊本市中心街北部のロードサイド型店舗が並ぶ一帯に位置しています。人口は多く人の行き来もそれなりにありますが、駅自体は人の流れからやや離れたところにある印象です。
駅の西側には坪井川公園が広がっていますが、こちら側には出口はなく、駅北側の踏切から大回りすることになります。
東側(駅本屋側)から順に、1番線、2番線、3番線となります。