三ツ石を過ぎると、しばらくの間は住宅の密度が下がっていき、農地や林が入り交じる中を進んでいきます。
黒石駅は、島式ホーム1面2線から成る交換可能駅です。ホームは2001年に移設されたもので真新しく、ホームの御代志方にある構内踏切で、駅の両側に出ることができます。しっかりした上屋が設けられていますが、駅舎や待合室などはありません。
菊池線の交換可能駅としては、最北端にあたります。黒石以北の駅は、終点の御代志を含めて1面1線のみで側線などもないため、ここから北には1編成しか入線できません。
駅のすぐ西側には駐車場が設けられています。東側には一大住宅地が広がっています。