高松琴平電気鉄道を形成する琴平線、長尾線、志度線の三線が集中するターミナル駅です。かつては三線がいずれも地平上で平面交差をなしていましたが、高松市商業地区の中心付近に位置していることもあって大規模な再開発が行われた結果、大きな駅ビルの中にすっぽりと入る形になり、面目を一新しました。
琴平線および長尾線は地平にあり、琴平線が島式1面2線、長尾線が片面1線となっています。駅ビルにすっぽりと覆われているためいささか暗いのですが、駅自体が非常に新しいこともあって陰気さは感じられず、大都市圏大手私鉄の駅のような雰囲気があります。コンコースは駅ビルの2階にあり、ホームからは階段、エスカレータおよびエレベータで上へ登ることになります。
いっぽう志度線の乗り場は、北東側に大きく離れています。こちらは琴平線および長尾線とは線路が分断されていますが、両者の乗り場は2階の連絡通路で結ばれており、相互の間には2つのムーヴィングウォークが設置されています。志度線ホームは地平島式1面2線で、こちらにも改札口が別途設けられています。
かつて瓦町駅には十角形の二階建て駅舎があり、“動く電車の博物館”と呼ばれていた当時の琴電を象徴する駅でした。この瓦町駅も1994年に現在の形状となり、当時の面影は何も残っていません。駅ビルには「コトデンそごう」が入居しましたが、2000年7月のそごうグループ経営破綻を受けて1年後の2001年7月にはコトデンそごうが閉店、さらに12月には高松琴平電気鉄道本体が連鎖倒産する憂き目に遭っています。コトデンそごう閉店後は、2001年9月1日に高松天満屋が入り、現在も営業を行っています。
1～3番線は琴平線および長尾線、4番線および5番線は志度線です。
確認中。
瓦町駅の変遷は非常に複雑ですが、ここでは琴平線の前身である琴平電鉄のターミナル駅が設置された時期を開業日としています。これ以前にも、東讃電気軌道（志度線の前身）高松市内線の瓦町駅が近接して存在していましたが、志度線のターミナルは出晴（現在は廃止）で、これが現在の瓦町に統合されたという経緯があるため、別の駅と見なします。以下、特に1950年以前については、かなり簡略化して記します。
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