相対式2面3線から成る地平駅ですが、外側1線はまったく使われておらず、実質的には2面2線です。また、構内は側線が多く渡されています。構内踏切。
島式ホームには片面ホームの駅舎部分と同じ程度の屋根があり、豊橋方にある構内踏切で連絡しています。
駅舎は木造平屋建で、古くからのものですが外壁が白く塗られているため、古さはそう感じさせません。それよりも、事務所前にある小庭園が、かつて旧国鉄駅によく見られた形状なので、こちらのほうが時代を感じさせます。
国鉄末期には、この元善光寺から分岐する専用線センターが近くに設けられ、石油、ガス、セメントなどの企業を誘致しましたが、車扱貨物の全国的な縮小に伴い取扱量は減少、1990年代後半には廃止されています。