東海道新幹線岐阜羽島駅に隣接し、新幹線から岐阜方面へのアクセス機能を担うために設けられた駅です。
ホームは高架上にあり、新幹線とほぼ同じ高さに平行してあります。新幹線側には特に壁などは設けられていないため、列車が止まっていない場合、名鉄のホームに立つと新幹線のホーム全体を見渡すことができます。1面1線で、到着した電車がそのまま折り返す形になっています。
新幹線接続駅ではありますが、無人化されています。ホームから階段を下りた先の地平にかつての改札口があり、比較的簡素な平屋建ての駅舎が用意されています。高架駅でありながら、バリアフリー非対応です。このように、いろいろな面で“置き去りにされた”観のある駅ではあります。
新幹線と岐阜を結ぶ路線の終着駅がこのようになっているのは、岐阜市内方面への鉄道アクセスにおいて岐阜羽島駅が使われていないためです。東京方面から岐阜へ行く場合、岐阜羽島で名鉄に乗り換えるよりも、名古屋でJRの快速に乗り換えたほうが本数がずっと便利ですから、やむを得ないでしょう。岐阜羽島をあえて利用する人は、駅周辺で十分に用意されている駐車場を活用したい自動車利用者のようで、この人たちは名鉄の利用にはつながりません。
駅出口は新幹線岐阜羽島駅北口駅前広場に面しており、新幹線乗り場へは地上を歩いてすぐで、連絡部分には屋根が設けられています。