東三条

信越本線としては2面3線ですが、このほかに弥彦線用の切り欠け式ホームが設けられています。各ホームの間には跨線橋が設けられています。

駅舎自体は鉄筋で横に長いものですが、旅客用のスペースはあまり広くはなく、コンビニが入っています。Suica対応の自動改札機が設置されていました。

駅前には広場が整備され、周辺には飲食店や個人商店などが立地しています。

駅名のとおり三条市の中心部からはやや東側に離れた位置にあり、中心部にはむしろ北三条や三条のほうが近いのですが、路線分岐駅として駅の規模が大きいこともあって、この東三条が三条市の中心駅という位置づけになって今日に至っています。

跨線橋を渡った南側にも出口があります。この跨線橋の下の部分には旧ホームの跡地がありますが、廃止になった弥彦線東三条以南（東三条－越後長沢間）用のホーム跡でしょうか。