瀬戸市駅を出ると再びトンネルに入り、これを抜けたところに設けられているのが、中水野駅です。
高架上に相対式ホーム2面2線が設けられています。瀬戸市駅と同様、下りホームの設備が非常に立派であるいっぽうで上りホームの設備は非常に簡素で、これはホームから改札へ向かう階段で特に顕著になっています。駅の出口は西側にのみ設けられており、上りホームからは階段をおりてから高架をいったんくぐる必要があります。
小さな詰所が高架下の中2階にあります。もともと無人駅として想定されていたようで、通路には改札内外を区切る長い柵が設置されていました。現在、日中は駅員が配置されています。