鹿島神宮駅は、線路名称上では鹿島線の中間駅で、正確な終着駅は一つ先の鹿島サッカースタジアム駅です。ただし、鹿島線の電車は全便が鹿島神宮止まりで、また鹿島臨海鉄道の列車も全便が鹿島サッカースタジアムを経て鹿島神宮まで乗り入れるため、実質的にJR鹿島線と鹿島臨海鉄道の運転上の境界駅となっています。ただし運賃計算などの旅客営業上は、両社の境界はあくまでも鹿島サッカースタジアム駅なので、鹿島神宮-鹿島サッカースタジアム間のみの乗車券を発行することも可能です。
島式ホーム1面2線が高架上に設けられています。
鹿嶋市の市街地からは少し離れていますが、駅前には高速バスの乗り場が設けられており、東京方面へはこちらのほうが本数も多く利便性が高いため、JRは事実上地域輸送に特化している印象があります。
南側(駅本屋側)から順に、1番線、2番線となります。
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