靖国通りと内堀通りが交差する九段下交差点の直下に設けられている駅で、半蔵門から寄り添ってきた東京地下鉄半蔵門線と平行してホームが設けられています。障壁があるためわかりませんが、ここから神保町までの区間は、同線と完全に併走します。
東西線および半蔵門線との乗換駅で、乗降客数は都営新宿線内でも新宿、馬喰横山、神保町に次ぐものの、急行は通過します。駅名標には「二松学舎大学前」の表示があります。
ホームは島式2面2線から成り、地下4階に位置しています。改札は東西1個所ずつ別々に設けられており、これが地下3階にあり、半蔵門線の改札と同じフロアになります（このため、半蔵門線への乗り換えは非常に容易）。いっぽう東西線は地下2階にあるため、ここから上のフロアに移動しますが、方向別改札になっているため、西船橋方面へ乗り換える場合は本八幡方面改札を、中野方面へ乗り換える場合は新宿方面改札を出るのがよいでしょう（この要領は半蔵門線も同様です）。なお、ホームは新宿方面行きが5番線、本八幡方面行きが6番線となっていますが、これは東西線（1番線と2番線）および半蔵門線（3番線および4番線）との連番になっているためと思われます。事業者が異なるとはいえ、すべての乗り場が別改札になっており、混乱を招くおそれありとの判断によるものでしょう。