ホームは島式1面2線です
名前のとおり駒澤大学の最寄り駅ですが、同大学とは少し離れており、国道246号線が環状七号線と交差する地点（上馬（かみうま）交差点）から少し西側にずれた位置にあります。旧玉川線には同一名称の電停はありませんでしたが、かつての真中電停に相当する位置です（駒沢電停は駒澤大学に近い場所にありました）。
ホームは地下2階にあり、島式1面2線から成ります。もっとも、改札階へ向かう階段やエスカレータのある付近は両方向の乗り場を行き来できますが、ホームの端のほうではそれぞれの乗り場の間に壁が設けられ、一見したところ別々の単式ホームで構成されているように思えます。駅の上に首都高速の高架橋があり、十分なホーム幅をとるのが強度上難しいからでしょうか。
コンコースは地下1階に1個所あり、出口は国道246号線の北側（西口）が道路脇に、南側（東口）が道路に接するビルの脇に設けられているほか、駒澤大学の学生や駒沢オリンピック公園の利用者を誘導するため南西側へと地下通路が延びており、その先に駒沢公園口が設置されています。
大学生の姿が多く、駅周辺の商店にも若者が多いという印象があります。