紀州鉄道の始発駅です。乗り場はJR紀勢本線御坊駅改札内、切り欠け式ホームの0番線となっており、中間改札は設置されていません。また集改札も独自に行っているものはなく、運賃精算などは基本的に紀州鉄道車内で行い、乗り換えの際には乗換票を受け取って精算する形になります。0番線はJRの改札を入って左手、跨線橋の先にあります。
貨物営業が行われていた当時は御坊で貨物列車が直通していましたが、現在では連絡するレールも切られています。御坊の先（西側）には、紀州鉄道で最大の急カーブがあり、ディーゼルカーは車輪をきしませながらゆっくりと走ります。