南北線とは別々に
JR札幌駅の南東側に設けられている、島式ホーム1面2線から成る駅です。JR札幌駅とは、東コンコース南側の地下道を介して連絡しており、さっぽろ東急百貨店の東側に位置しています。
南北線とはホームが2コーナー離れており、北4条通の下にある地下通路を通って連絡することになります。かつては、この地下通路の中央に柵で囲まれた改札内連絡通路がありましたが、地下鉄非利用者の通行の支障になっていたこともあり、2017年9月にこの柵が撤去されるとともに、南北線と東西線は30分以内に改札外乗り換えすることとなりました。