快速と各停でホームは別々
新宿通りと交差するところに設置された駅で、これまでの各駅と同様、外堀に沿って設けられています。ただし市ケ谷駅西側から外堀は空堀になるため、駅から水をたたえた空間を見ることはできません。
市ケ谷までは緩行線（各駅停車系統）の線路が北側、快速線の線路が南側でしたが、四ツ谷駅の北側で緩行線が快速線を乗り越えて南側に回っています。新宿側から見ると、逆に快速線が南側へ入っているわけですが、これは飯田町貨物駅が健在だった当時、貨物列車が走行する快速線を南側に移す必要があったためです。今となっては、特に意味の無い「線路の入れ替え」になっていますが、立体交差なので特に支障はありません。
御茶ノ水とは異なり、中央線快速ホームと中央総武緩行線ホームとは完全に分かれているため（系統別複々線）、快速と各駅停車とを乗り換える場合にはいちいち跨線橋を渡る必要があるのがややめんどうです。
地下鉄丸ノ内線および南北線との乗換駅ですが、丸ノ内線は高尾方に、中央線をまたぐ形でホームが設置されているのが印象的です。なお南北線へは、東京方から乗り換える方が早いでしょう。
駅舎はホームの上に2カ所設けられており、西側駅舎にはショッピングエリアの「アトレ」があり、東側駅舎は東京メトロに間借りする形になっています。
駅前には上智大学があるほか、オフィスが多く並んでいます。