関西本線における電化区間と非電化区間のジャンクションです。加茂駅から西側は長編成の大和路快速が頻繁に走っていますが、東側は最長2両のディーゼルカーが細々とワンマン運転を行うローカル区間と、大きく雰囲気が異なり、国鉄時代の片町線長尾駅にも似た存在です。営業案内上では、この加茂から西側の電化区間が“大和路線”、東側の非電化区間が“関西線”とアナウンスされます。また、亀山方面からのディーゼルカーは、この加茂止まりとなります。
ホームは島式2面3線から成り、中線を2つのホームがはさみ、外側にそれぞれ線が通るという形になっています。西口側の1面2線が主に使われ、このうち外側線が大和路線の電車、中線が関西線のディーゼルカーというケースが多くなっています（例外多し）。
長らく、木造一部二階建ての重厚な駅舎ががんばっており、二段屋根の中央部分のみがぽこっと飛び出る形状に特徴がありました。
現在は、1999年12月21日より供用開始された橋上駅舎が使われており、この際に自由通路を併設しています。JR西日本直営駅で、「みどりの窓口」も早朝から深夜まで営業しています。ゲートのある自動改札機も当然のように設置されており、亀山方面からの列車で途中下車すると、アーバンネットワークに入ったことを実感します。
駅前にはロータリーが設けられていますが、旧市街地が広がる西口については、かつては駅前がすぐ道路になっていました（駅舎改築時に整備されたものと思われます）。岩船寺や浄瑠璃寺方面へ向かう奈良交通の路線バスやコミュニティバスが発着しています。東口は近年開発が進んでいる地域で、駅のすぐ近くには高層マンションも見られます。