対向式ホームと、待合室のみの新しい簡素な駅舎からなる無人駅です。駅舎は、五角形を2つ組み合わせたような形状をしており、採光や風通しがよく明るいもので、1998年2月初旬に使用が開始されました。長大なホームは跨線橋で連絡しており、駅舎のある場所が唯一の出入り口となっています。
名鉄各務原線の新那加駅がすぐ南西に位置しており、高山本線と名鉄との間に、人が通っているあいだにごく自然にできたような感じの通路があります。上掲写真の中央にあるのが、新那加駅地下通路北口の入り口で、その左側に同駅ホームが見えます。
周囲は、住宅と工場とが混在しています。