昭和通り直下の地下2階、対向式2面2線から成る駅です。コンコースは地下1階にあり、北千住寄りから出るJR秋葉原方面出口と、中目黒方面から出る岩本町方面出口があります。
JR秋葉原方面出口は、JR秋葉原駅の昭和通り口に面しており、傘を差すことなく乗り換えが可能です。かつては、山手線や京浜東北線に乗る場合、いったん総武緩行線のホームを経由する必要がありましたが、2004年12月に中央コンコースが開通し、乗り換えが容易になりました。いっぽう岩本町方面出口は、神田川付近にあり、都営新宿線の岩本町へのアクセスに便利です（ただし秋葉原と岩本町は指定乗換駅ではないため、乗り継ぎ割引などはありません）。
駅周辺にはゲームセンターや居酒屋、飲食店などが多い雑然とした一角となっています。秋葉原電気街には、西へ向かいJRのガード下を潜って向かうことになります。
その後、都営新宿線岩本町駅が乗換駅として指定されました。（2020年6月6日）