日比谷線と東西線の接続駅で、両線は直角に交差しています。
日比谷線は、地下1階に相対式ホーム2面2線を持ち、ホームごとに北千住方面と中目黒方面に2つずつの出口があり、東西線乗り換え口は北千住方面です。一方東西線は、島式ホーム1面2線が地下3階にあり、東・中・西と3個所の出口があり、後2者はそのまま日比谷線の北千住方面行きホームと中目黒方面行きホームにつながっています。コンコースは日比谷線ホームと同じ高さの地下1階にあり、ここから東西線中野方面へ延びており、呉服橋交差点手前まで続いています。
茅場町は、兜町から続く、「日本のウォール街」と言われる証券街で、駅の北西側ほど近いところに東京証券取引所があります。茅場町の地名は、神田橋外にあった茅商人が、江戸城拡大の際に移転したのが由来とされています。