対向式ホーム2面2線から成る地上駅で、南北にそれぞれ改札が設けられており、上下ホームは地下道で連絡しています。乗降客が増加傾向にあり、通勤急行が停車します。
メインの改札は北口で、駅前にはロータリーが整備されており、無骨な柱と古そうな屋根が印象的な駅舎がかまえています。
いっぽう、南口も駅前広場が整備されているものの、人の出入りは比較的静かです。駅舎にもさしたる特徴はなく、改札は無人化されています。
武庫之荘は尼崎市西部の住宅地の拠点駅で、駅の周辺にはサクラが多く植えられており、春にはきれいな姿を見せます。