瀬田川のほとり、西側に丘陵が迫っているところに設けられている、石山坂本線の起点駅です。起点駅といっても、浜大津方面からみれば終着駅であり、これまでの大津平野がくびれた地形に入っていることもあって、もうこの先には進めません、という雰囲気がある駅でもあります。
ホームは3面2線から成り、線路をホームが挟む構造になっており、その先端部分に駅本屋が設けられるという、いかにも終着駅らしい風情です。駅舎は平屋のオーソドックスなものですが、広く開いた屋根は周囲の住宅地にマッチしています。上に掲載した写真では見あたりませんが、現在では自動改札機が設置されています。
駅前には小さな個人商店があり、道路脇に小広場が整備されていますが、特にまとまった商店街などはなく、石山寺への中継点という以上の役割はないようです。
駅名となっている石山寺へは、ここから南へ700メートルほどの距離となります。