相対式ホーム2面2線から成る地平駅で、ホームはJR湖西線の高架下に設けられています。駅名は皇子山ですが、湖西線の大津京駅（かつての西大津駅）が近く、相互に乗換駅として案内しており、通路には屋根が設けられています。また、乗り換え通路の脇には高層マンションが建っており、鉄道の結節点として機能しています。
2つのホームにそれぞれ改札口があり、改札外に踏切が設けられています。
乗り場
番線表示はありません。以下、東側から順に。
- 石山坂本線 びわ湖浜大津、石山寺方面
- 石山坂本線 近江神宮前、坂本比叡山口方面
駅名の由来
皇子山の地名は、天智天皇のあとを継いだ近江朝廷の大友皇子が、壬申の乱に破れ近くで自殺したとされることに由来します。
歴史
戦時中に廃止されていた、山上、漣の両駅を統合する形で戦後に新設された駅です。
- 1946年3月1日
- 開業。
- 2006年3月18日
- 湖西線高架下に移転し、自動改札機が設置されました。
- 2018年3月17日
- 駅名を皇子山から「京阪大津京」に変更。
周辺の見どころ
確認中。