銀座線ホームと丸ノ内線ホームが、方向別の2階建て構造になっている、全国的にも珍しい駅です。地下1階は、西側が銀座線渋谷方面行き、東側が丸ノ内線荻窪右方面行きで、ホームの渋谷・荻窪方面に改札口が設けられています。地下2階は、西側が銀座線浅草方面行き、東側が丸ノ内線東京方面行きで、地下1階への連絡階段、および半蔵門線方面への連絡通路があります。このため、同一方向での乗り換えの便がよく、両線ともに乗客の入れ替わりが非常に大きい駅となっています。
半蔵門線、南北線および有楽町線の永田町と同一駅扱いで、改札内乗り換えが可能ですが、銀座および丸ノ内―半蔵門―南北・有楽町と、半蔵門線ホームそのものが連絡通路となっているため、銀座線および丸ノ内線と、南北線または有楽町線を乗り換える場合、半蔵門線のホームを端から端まで歩く必要があり、かなりの時間がかかります。
駅の周辺には、衆参両院議長公邸や各国の大使館が多いほか、赤坂エクセルホテル東急や赤坂プリンスホテルなどのホテルが並び、宿泊や各種催しなどが開かれ、ビジネスマンが頻繁に出入りしています。超高層オフィスビルであるホテルニューオータニガーデンコートをはじめ、紀尾井町から元赤坂にかけてオフィスビルが林立する一方、千代田線赤坂駅にいたる一ツ木通り沿いには多種多様な飲食店が並んでいます。