高架上に島式ホームが
高架上に、島式ホーム1面2線が設けられている駅です。つくばエクスプレスの建設に伴い、駅舎の新築工事が行われています。
JR南千住駅の南側には、日比谷線の南千住駅があり、こちらも高架になっていますが、両駅を連絡する際には、いったん地上に降りて道路を横断することになります。実際には、両線の乗り換えは隣の北千住で行われるのが一般的なので、大した問題にはなっていないのでしょう。
駅周辺には、古くからの定食屋や総菜屋など、庶民的な店舗が軒を連ねていますが、再開発事業が行われているようで、道路の拡幅などが進められています。
一帯は、江戸時代の刑場の跡地です。駅の南東側には、JR貨物の隅田川貨物駅があります。